Ájtte bedriver forskning om människor och natur i Sápmi. Museets forskning integrerar olika ämnen och discipliner som belyser samspelet mellan naturen, den samiska kulturen och andra människor som bor och verkar i området. Ájttes forskning knyter ihop historia, nutid och framtid och utforskar de utmaningar som fjällområdet och det samiska samhället står inför idag.

I centrum står frågor som handlar om Birget/Bierggit att reda sig,
Eallinbiras/Iellembirás/Jielemen birja, landskapet och en hållbar livsmiljö, samt Agálaš, det långa tidsperspektivet. Ett centralt begrepp som genomsyrar arbetet är Árbediehtu/Árbbediehto/Aerpimaahtoe, den traditionella kunskapen som är en grundsten i den samiska kulturen.

Ájtte är en mötesplats för forskare, studenter och andra aktörer som vill utveckla och utbyta kunskap. Museet ingår i olika partnerskap och samarbetar med svenska och internationella universitet och museer. På Ájtte finns forskarplatser samt möjligheter att lokalisera möten och konferenser.