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Me revoici de retour avec quelques mois de publications irrégulières. Ce carnet de recherche continue de publier l’actualité de la Science ouverte et plus globalement relaie des infos liées à la Recherche et que l’on ne voit pas partout.
L’actualité de la Science Ouverte se recentre en ce moment sur les “données” de la recherche. Et qui dit “données” ne dit pas “publications”. “Données” au sens propre de data, unité de base d’étude. Tout chercheur manipule des datas. Quand il rédige un dmp pour une demande de subvention à l’ANR, quant il soumet un data paper à un éditeur ou qu’il le dépose en archive ouverte spécialisée pour sauvegarder ses datas. A cette occasion, il va sur un annuaire spécialisé tel Re3Data qui lui donne le nom et l’adresse de multiples repositories de datas certifiés. En informatique, en mathématique, en santé, plus globalement en STM mais aussi en SHS, le chercheur travaille avec des datas d’où la volonté du MESRI d’établir un suivi de l’ouverture des données de la recherche, des codes sources mis à disposition en libre accès gratuit.
Cependant, cet article ne va pas traiter de ce sujet d’actualité mais bien des APC.
Les articles processing charges sont des frais demandés aux chercheurs par les éditeurs pour permettre aux premiers de publier en archive ouverte. Ce paiement correspond souvent à des frais élevés que les petits laboratoires ne peuvent pas se permettre de financer. C’est pourtant la voie dite “gold” de l’open access car elle permet un accès gratuit à la publication en texte intégral. “Gratuit”, vous le voyez bien, n’est pas vraiment le mot puisque ce sont les chercheurs, les laboratoires, l’institution qui les emploie qui paient ses frais.
L’éditeur vous dira que celà compense le manque à gagner qui sera le sien puisque la publication va être déposée et accessible gratuitement sans être obligé de payer un abonnement à la revue en question.
Il se trouve que les APC ne cessent d’augmenter année après année. Ce que le chercheur gagne en visibilité, il va le perdre en argent.
Les revues se targuent sur ce modèle d’être conformes à la notion d’open access puisqu’elles permettent la mise à disposition du document en archive ouverte. Mais si l’accès au document en question est gratuit, le prix à payer pour qu’il le soit est parfois démentiel.
Vu dernièrement sur Twitter, le prix des APC à débourser par un chercheur pour publier dans la célèbre revue Nature : Publishing options Nature. Si le chercheur veut publier sur Nature, il doit débourser 9500 eur ! Et il est indiqué que Nature promeut le libre accès de la Recherche. Il est bien sûr indiqué que le chercheur est libre de publier selon la voie “traditionnelle” en rendant son travail accessible via son institution en s’abonnant à Nature. A ce moment là, il n’aura pas à payer d’APC.
Dans tous les cas, il faut payer . Et quand c’est Nature, une des revues vedette à fort facteur d’impact, on paie. Ne rentrons pas dans le détail des publications soumises à trois Nature à la fois : Nature Physics, Génétics, Méthods. Là, on vous fait un cadeau chercheurs. Vous ne paierez plus que 4790 euros d’APC. Autant soumettre dans toutes les spécialités de Nature existantes : Nature physique, mathématiques, chimie, biologie, génétique la paléontologie, la géologie, les sciences de l’évolution, l’archéologie etc… Comme celà, le chercheur est sûr de ne plus rien payer du tout tant qu’à faire.
Bref, on est encore loin de la diffusion gratuite des publications scientifiques. Il faut bien que les éditeurs scientifiques vivent mais peut-être serait-il souhaitable de les faire rentrer en concurrence avec la voie diamant. Les chercheurs cherchent, écrivent, se corrigent, et publient.
Là, peut-être, les éditeurs seront un peu moins de mauvaise foi et feront un peu plus d’efforts dans le cadre des transformative agreements.
À suivre…
Suite à une annonce de l’agence nationale pour la recherche, les chercheurs en chimie éprouvent un certain malaise sur Twitter. L’ANR annonce qu’à partir de 2022, les recherches financées sur fonds publics devront spécifier une licence Creative Common CC- BY. Faisant partie d’une stratégie de non cession de droits, cette mesure vise à rendre aux chercheurs leur droit d’auteur dans le cadre de la science ouverte.
Extrait :
La stratégie de rétention des droits (d’après coalition S) consiste à informer l’éditeur, dès la soumission, que la version acceptée sera déposée sous licence CC BY. pic.twitter.com/DvP6Fye4iW— FX Coudert (@fxcoudert) May 5, 2021
Néanmoins, a priori rien n’interdit alors à l’éditeur de refuser l’article, ou de le transférer à un journal “gold OA” (payant). Dans ce cas-là, je fais quoi ? L’ANR @AgenceRecherche paie les frais de publication ? (a priori les budgets n’ont pas augmenté) — FX Coudert (@fxcoudert) .
Ça semble une question relativement simple, je l’ai déjà posée 2 fois je crois sur twitter, aucune réponse. Qui pourrait m’aider à éclaircir ce point ? — FX Coudert (@fxcoudert)Rien n’interdit aux éditeurs de refuser un papier (pour les raisons de contenu ou de licence de soumission). Un bras de fer s’engage. Il ne peut être gagné qu’avec un front uni, une coalition. Les bibliothèques pourraient aussi ne plus se réabonner à des éditeurs refusent, etc. — Marin Dacos – Science ouverte (@marindacos) May 5, 2021
Donc pour les éditeurs que je connais (chimie), ils vont systématiquement basculer les articles dans des journaux gold OA (qu’ils ont créé en réponse à plan S), et on aura le choix à titre individuel entre : 1. ne pas publier, 2. payer les frais de gold OA. .— FX Coudert (@fxcoudert) May 5, 2021
Donc on va payer, et comme le budget des ANR n’augmente pas et ne couvrira pas ces frais, on va prendra l’argent sur le reste.— FX Coudert (@fxcoudert) May 5, 2021
J’espère que je suis pessimiste, et qu’en 6 mois tous les éditeurs vont changer de politique, mais… j’ai un peu l’impression qu’on se tire une balle dans le pied
— FX Coudert (@fxcoudert)
La chimie, c’est vraiment un des endroits les plus compliqués.Marin Dacos – Science ouverte (@marindacos) May 5, 2021
Échange Twitter le 06/05/2021
Cet échange de “terrain” donne un éclairage sur la réalité vécue par les chercheurs de chimie suite aux récentes mesures prises en faveur de l’Open Access des publications scientifiques financées sur fonds publics. Rappelons que les résultats des recherches financées sur fonds publics doivent être librement et rapidement accessibles pour la communauté scientifique d’une part, le contribuable qui, par ses impôts finance cette recherche d’autre part puis, pour le lecteur “Lambda” qui veut prendre connaissance des avancées de la Science. La loi du octobre 2016 dite “loi pour la République Numérique” demande en ce sens le libre accès de toute publication financée au moins par moitié sur fonds publics ou une période d’embargo allant de six à douze mois selon la spécialité STM ou SHS. Celà permet à l’éditeur “d’amortir” les frais de publication de l’article car, dans ce temps imparti, la publication n’est pas accessible en open access mais reste en accès payant. L’ANR récemment, s’est prononcée en faveur d’une autre stratégie. Celle de de non cession de droits. Elle a suivi les recommandations du consortium COAlition S, un consortium soutenu par le Conseil européen de la Recherche et les agences de financement de la recherche de douze pays européens. Ce consortium demande, dans le cadre du plan S, initiative qui promeut le libre accès des publications scientifiques, de faire primer :
[…] l’accessibilité immédiate de la recherche et la licence ouverte CC-BY sur les éventuelles conditions contractuelles contraires des éditeurs. […] 1
Pour les chercheurs dont les projets sont financés par l’ANR, celà signifie qu’à partir de 2022, ils devront apposer une licence Creative Common CC-BY sur la version acceptée de leur manuscrit (AAM) ou postprint. Cette version de leur publication correspond à celle qui est passée devant un comité de lecture et qui a été corrigée par le chercheur en fonction des différentes remarques dudit comité. Les chercheurs devront aussi apposer une licence CC-BY sur la VoR (version of record) ou pdf éditeur c’est à dire la version finale de leur publication, corrigée et mise en forme pour publication sur le site de l’éditeur.
La réaction des éditeurs ne s’est pas fait attendre et :
Le 3 février 2021, un grand nombre d’éditeurs de revues scientifiques, parmi lesquels Elsevier, Cambridge University Press, Springer Nature ou Taylor & Francis, ont publié un communiqué s’opposant à la stratégie de rétention des droits, estimant qu’elle n’est pas soutenable sur le plan financier et va à l’encontre des libertés académiques.2
C’est pourtant au nom des libertés académiques, rappelons le ici, que le mouvement de l’open access prend sa source à Budapest en 2002 puis à Berlin en 2003 à l’initiative même de chercheurs qui souhaitaient mettre à disposition de tous gratuitement les résultats de leurs travaux au lieu de voir ceux-ci diffusés selon des coûts prohibitifs. Les éditeurs, mettent en avant des raisons économiques liées aux coûts de fabrication, de publication et de diffusion des articles scientifiques. Mais cOAlition S demande avant tout la transparence des prix, qui la plupart du temps, demeurent prohibitifs et ne reflètent pas le coût réel de fabrication et publication. Au milieu du champs de bataille, certains chercheurs s’interrogent. Il sont pris en étau entre les éditeurs scientifiques et cOAlition S.
Un collègue dont je tairai le nom a très justement écrit sur Twitter :
La science ouverte sur autorisation
COAlition S a choisi de mettre les éditeurs devant le fait accompli, les éditeurs ont riposté. L’ Avenir de la Science ouverte est-elle vraiment entre leurs mains ?
Mise à jour du 10/05/2021. Pour plus d’infos : https://www.ouvrirlascience.fr/principes-et-recommandations-pour-la-mise-en-oeuvre-du-plan-s/
1. https://fr.wikipedia.org/wiki/Plan_S, 2.https://fr.wikipedia.org/wiki/Plan_S. Article rédigé avec l’aimable autorisation de François-Xavier Coudert , chimiste français, directeur de recherche au CNRS.
Ce(tte) œuvre est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution 4.0 International.
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Ma veille documentaire de ce mois m’a permis de lire un excellent article de l’université de Liège. Cet article a lui même été cité sur twitter par Bernard Rentier, spécialiste de l’open access :
Faut-il se méfier des Réseaux sociaux académiques (ResearchGate, Academia, MyScienceWork,…)?
— Bernard Rentier (@bernardrentier) April 7, 2021
Comment fonctionnent-ils ? Quels sont les risques liés leur usage ? Comment se positionnent-ils par rapport aux dépôts institutionnels et à l’Open Access en général ? https://t.co/itOd2TuJev
Il s’agissait d’analyser le fonctionnement des réseaux académiques tels Researchgate, Académia et de comparer leurs usages de dépôts de travail scientifique par rapport aux archives ouvertes nationales telles HAL. Sans faire de redite par rapport à l’article en question, il reste nécessaire encore et toujours de signaler à la communauté scientifique et aux chercheurs qui utilisent ces réseaux sociaux à quoi ils s’exposent quand ils déposent et partagent leur travail sur ces plateformes. Nous allons reprendre quelques points essentiels.
Statut économique des réseaux académiques
Ces réseaux sociaux appartiennent à de grands groupes privés obéissant à une logique commerciale. Leur objectif n’est pas d’oeuvrer dans le sens d’une meilleure circulation du Savoir mais de récupérer vos données privées et de les centraliser dans des banques de données qui servent de réservoirs d’adresses et d’informations sur vos pratiques. Ces informations sont monnayables et assurent à ces sociétés une importante valeur marchande négociale lors d’achats futurs par d’autres sociétés. Dans tous les cas, l’intérêt n’est pas scientifique mais commercial.
Votre inscription sur ces plateformes
N’importe qui peut s’inscrire sur ses plateformes sans que son identité de chercheur ne soit vérifiée. Plus grâve, certaines identités sont utilisées sans demander l’autorisation préalables des chercheurs concernés. Elles servent à envoyer des mails à d’autres collègues, chercheurs, contacts sous forme d’invitations automatiques. Le but étant d’élargir le réseau, de multiplier le nombre d’adhérents pour en faire une plateforme incontournable.
Votre dépôt en texte intégral sur ces plateformes.
Quand vous déposez du texte intégral sur ces plateformes, il vaut mieux vérifier si vous en avez le droit. En effet, les éditeurs fournissent des autorisations de dépôt en texte intégral pour les archives ouvertes de type institutionnel mais pas nécessairement pour les réseaux académiques. En France, la loi pour une République Numérique encourage fortement le dépôt sur archive ouverte et met en avant la plateforme institutionnelle HAL pour le dépôt. Elle ne signale nulle part sa position par rapport au dépôt en réseau académique. En ce sens l’article de l’université de Liège vous encourage à juste déposer des liens ver les références bibliographiques de votre travail mais pas votre texte intégral.
Pérennisation des données
Dans une archive ouverte, vos données vont évoluer avec l’évolution des techniques. Les formats de fichiers évoluent constamment. Vos données peuvent se perdre si elle ne suivent pas ces évolutions et migrer vers des supports mieux adaptés. En France, Le Centre pour la Communication Scientifique Directe (CCSD) assure ces migrations et garantit la conservation dite pérenne de vos données. Quid de la politique de la donnée de ResearchGate ou Academia ? Comment se positionnent-ils sur la question de la conservation pérenne des données ? Déposer du texte intégral sur ces plateformes expose, à terme, à des difficultés de diffusion de votre travail, voire à la perte de vos données. Ces quelques points à nouveau rappelés ici doivent vous encourager à lire l’intégralité de l’article de l’université de Liège. En devenant un usager averti des pratiques de ces plateformes, vous pourrez les utiliser à bon escient sans vous exposer à en devenir les victimes non consentantes.
Mis à jour le 09/04/2021
]]>Le 26/01/21, une conférence en ligne concernant la rédaction des plans de gestion de données (PDG) ou data management plan (DMP). Les intervenants faisaient part de leur expérience dans le cadre de la mise en place du PGD dans leur établissement. Quatre établissements étaient représentés. Deux universités : Lorraine et Lausanne, un établissement public à caractère industriel et commercial (EPIC) le CIRAD, un institut de recherche français, l’INRAE. Chacun d’entre eux a successivement pris la parole et échangé sur la mise en place, l’organisation, les souhaits pour l’évolution de la science ouverte dans leur établissement. Le tableau comparatif suivant met les établissements en perspective et permet une comparaison des pratiques actuelles par rapport à l’enseignement du PDG auprès des chercheurs.
TABLEAU COMPARATIF
ANALYSE DES PRATIQUES
ORGANISATIONS
Les quatre sites possèdent une politique institutionnelle mise officiellement en place et qui permet une meilleure reconnaissance des pratiques de la science ouverte. Certains possèdent une charte, un service dédié ou service support, un comité directorial.
EFFECTIFS
L’université de Lorraine, par sa taille dispose d’un comité de 7 personnes dédiées à la science ouverte et plus spécifiquement à la politique de gestion des données. L‘INRAE et l’université de Lausanne disposent, toutes deux entre, 0.3 et 1 ETP ce qui correspond en moyenne à deux personnels, parfois à 30 % de leur temps de travail dédié à la gestion des données. C’est peu compte tenu des besoins.
CONTACTS LABORATOIRES
L’université de Lorraine a mis en place un système d’ambassadeurs de la donnée en recrutant parmi les chercheurs les plus motivés à aider la science ouverte dans les labos. Le comité compte sur une émulation par les pairs dans les unités de recherche. L‘INRAE, consciente de la montée en charge de HAL et de la mise en place des DMP pour les projets financés pour moitié sur fonds publics souhaite recruter un/et ou des data scientist ainsi que des datas librarian parmi ses personnels. A noter la présence de référents Europe pour les projets scientifiques européens. Uns difficulté cependant est signalée pour les chercheurs en poste à l’étranger qui n’ont pas forcément une bonne connexion internet ou pas de connexion du tout. L’aide à la rédaction des dmp pose soucis. A prioriser dans un proche avenir. L’Université de Lausanne se distingue par des audits sur site. En allant directement observer les pratiques courantes des chercheurs quant à la gestion de leurs données, les personnels du service dédié ont une action efficace mais disposent d’un manque de temps notoire ainsi que de personnels.
LES FORMATIONS
Elles se faisaient beaucoup avant la crise sanitaire sous forme d’atelier d’environ 1h, 1h30 avec 15 à 20 personnes. Des rencontres étaient aussi organisées lors de journées thématiques type la semaine du DMP à Lausanne. Les accompagnements à la demande, en individuel ou en groupe, se font aussi ainsi que la correction des dmp après envoi par mail. De nombreux outils en ligne permettent aujourd’hui en pleine crise sanitaire de se former en distanciel (tutoriels coopist-cirad, 15 mins université Lausanne).
LES OUTILS
Tous travaillent avec le modèle DMP Opidor ou s’en inspirent pour rédiger leur propre DMP qu’ils déposent soit sur Opidor soit sur leur plateforme Agritop. A noter que bp ne savaient pas que le portail OPIDOR ne conserve pas les dmp déposées au delà de 5 ans. Ce n’est pas une plateforme qui assure la conservation.
SYNTHESE
VOLONTÉ POLITQUE PRIMORDIALE
Les quatre sites ont ancré leur action dans le cadre d’un volonté politique et d’un suivi de la part de l’institution à laquelle ils appartiennent. L’université de Lorraine a fait de la science ouverte un de ses priorités et s’est doté de moyens pour y arriver. Les autres structures ont fait de même en inscrivant leur action par une charte ou sur la durée avec des plans (plan CIRAD 2019-2023) avec le respect d’une éthique et des règles de bonnes pratiques à appliquer. A noter que la politique des petits pas reste malgré tout la règle pour beaucoup de ces services. Bien que soutenus par l’institution, ils rencontrent sur le terrain des difficultés de perception, de compréhension de la part de leurs interlocuteurs chercheurs. La science ouverte avance doucement mais sûrement.
MANQUE DE PERSONNELS
Sur les quatre sites, au moins deux expriment un manque de personnels pour pouvoir mettre en place d’autres actions en direction des chercheurs. l’INRAE veut faire appel à son réseau de scientifiques sur site (les ingénieurs, les chercheurs, les chefs de projets) pour les impliquer en tant que référents et permettre ainsi d’étoffer l’offre de service. A noter l’importance des échanges avec les chercheurs sous forme d’enquête d’où s’est dégagé le besoin de création d’un forum d’échanges.
RETOURS D’ENQUÊTES NÉCESSAIRES
Deux des quatre structures signalent des questionnaires d’enquête transmis aux chercheurs pour mieux cibler leurs besoins. Le CIRAD souligne l’importance d’un suivi régulier qui va au delà des besoins pour les projets subventionnés. Les chercheurs ont besoin de s’approprier la gestion des données dans leur pratique quotidienne. Ils ont besoin d’infos sans trop d’infobésité, 51 % d’entre eux ne connaissent pas le PGD dans les unités de recherche du CIRAD. A noter qu’un répondant signale vouloir déléguer la rédaction du PGD à d’autres personnes car il considère que cette activité ne relève pas de sa compétence. A noter qu’aucun des sites indiqués n’a vocation à réaliser de PDG à la place du laboratoire mais accompagne celui-ci dans la rédaction du PDG et dans l’acquisition de connaissance sur la gestion des données.
SUGGESTIONS
Les quatre site suggèrent les actions suivantes :
- Renforcement de l’appui institutionnel
- Augmentation des personnels dédiés à ces services.
- Systématisation des PGD dans tout appel à projet financé ou non par des fonds publics.
- Meilleure liaison entre les chercheurs et les service d’appuis.
CONCLUSION
Suite à cette visioconférence qui concernait les PGD, nous avons pu dégager des permanences notamment en terme de formations qui se font le plus souvent sous forme d’ateliers, de rencontres thématiques, de rendez-vous individuels. Peu d’activités ludiques tels des jeux sur les données, le public et le sujet se prêtant probablement difficilement à ce format qui concerne plus facilement les doctorants. L’INRAE et le CIRAD possèdent, en outre, une culture de la donnée prononcée ainsi que des services supports existant déjà depuis un certain temps. Les universités, quant à elles, ont mis en place des services qui n’ont guère à rougir de la comparaison mais qui parfois manquent de moyens ainsi que de personnels dédiés, ce qui est notamment le cas de l’université de Lausanne.
Mise à jour le 07/02/2022. Licence CC-CY
]]>INTRODUCTION
J’ai testé l’éditeur de texte Stylo, rattaché à la plateforme Huma-Num. C’est un éditeur de texte ne demandant pas de compétences techniques spécifiques, facilitant la rédaction mais aussi la publication de textes scientifiques. Etant éditeur de texte, il facilite la réalisation de d’articles scientifiques en lignes, d’articles, de rapports avec bibliographies mais, et c’est là le point fort intéressant, il regroupe aussi en son sein des fonctions permettant la publication directe sur les plateforme scientifiques Erudit, Open Edition, Cairn …
LES AUTEURS
Mis au point au Canada, à l’université de Montréal en 2017, ll a été mis en place par la plateforme HUMA-Num le 1er octobre 2020.
MODE DE FONCTIONNEMENT
Après votre identification sur la plateforme HUMA-NUM si vous avez un compte, sinon il suffit de vous en créer un, vous pouvez activer l’onglet Stylo qui vous donne accès à une page blanche, munie en haut à droite, de votre “nom“, “books” “articles” et Log out“. A gauche un volet ”open”, “close” vous permet de dérouler un menu pendant que vous écrivez. Vous pouvez sauvegarder votre texte par save minor ou major, faire une prévisualisation par preview, exporter votre texte dans différents formats dont le HTML, pdf, dot, docx et même ICML (format basse qualité indd d’Indesign). Votre texte “pivot” lui-même est au format html à partir des formats natifs du web Jason, Markdown, YAML. Quand vous le tapez, vous n’avez pas besoin de maîtriser le format puisque Stylo est un éditeur WYSWYM, c’est à dire qu’il traduit directement en langage normal du texte tapé, ici le français sans codage. C’est un quelque sorte un CMS mais juste pour gérer du texte. Vous avez aussi la possibilité de vous connecter directement à votre zotero et d’importer toutes vos références bibliographiques liées à votre article ou à votre ouvrage en cours de rédaction. Enfin, vous disposez d’un onglet stats qui vous fournit le nombre de mots tapés (fonction très pratique quand un éditeur vous demande un article de “n” nombre de mots) et vous disposez aussi du nombre de citations intégrées dans l’article. Une fonction compare vous permet de comparer votre ancienne version avec la nouvelle quand vous effectuez des modifications. L’ensemble facilite bien sûr le travail collaboratif à plusieurs sur un même texte.
L’ONGLET MÉTADATA
Le volet Métadata apparaît en cliquant en haut à droite. Vous voyez alors apparaître différents modes de publication. Vous pouvez vous mettre en mode basic et remplir les champs qui vous demandent de renseigner le titre, le sous titre, la licence que vous souhaiter attribuer, la langue de rédaction. Vous pouvez vous mettre en “mode editor” pour renseigner les champs mots clé, résumé de votre texte, autant d’éléments nécessaires au moment de la publication du texte, enfin le raw mode apparaît avec les différentes balises apparaissant.
UN REGRET
Stylo ne permet pas de créer de liens hypertextes hautement nécessaires dans la rédactions d’articles, ni d’illustrations, ce qui rend le propos moins vivant. La possibilité d’exporter le texte en différents formats est un “plus” mais les auteurs des carnets de recherche sur Hypothèses ou les chercheurs ayant leur propre site web seront sûrement frustrés par l’outil qui reste cependant facile d’utilisation et ergonomique. De futurs développements sont à prévoir dans les mois à venir. Gageons qu’ils fournissent un certain nombre d’options supplémentaires.
Pour en savoir plus : stylo-doc.ecrituresnumeriques.ca
- Stylo, un éditeur de texte pour les SHS disponible chez Huma-Num . s. d. https://humanum.hypotheses.org/6311.
- vitali-rosati. s. d. Une réflexion sur l’édition à l’époque du numérique https://dlis.hypotheses.org/1014.
- Entretiens Jacques Cartier – Libre accès, économie sociale et solidaire , éditorialisation : les nouveaux visages de l’édition savante . s. d. https://dlis.hypotheses.org/5455.
Mise à jour le 24/11/2020
]]>« #PeerReview or not peer review en période de #Covid_19 »
— Bernard Rentier (@bernardrentier) November 6, 2020
par Eliane Caillou :
« L’#OpenAccess favorise ces échanges mais @BernardRentier met, en plus, en avant, la nécessité d’ouvrir les vannes de la publication » https://t.co/CZOcbSYn4O
LE PEER REWIEWING : UNE ETAPE DANS LE PROCESSUS DE PUBLICATION DES ECRITS DE LA RECHERCHE
Rappelons de quoi il s’agit. Le chercheur en sciences humaines et sociales mais aussi en sciences dures doit, avant d’être publié dans une revue reconnue, passer par un comité de lecture ou peer rewieving en anglais. Il s’agit d’évaluer le contenu de l’article soumis à publication. Ce processus obéit à des critères qui valident ou non le sérieux du travail rendu car il est effectué par des “pairs” scientifiques, des enseignants-chercheurs ou chercheurs du même domaine auquel appartient l’article évalué. Si l’article passe cette étape, le processus de publication se poursuit avec de fortes changes de publication. Si l’article est retoqué, deux cas se présentent : un refus de publication définitif, une demande de corrections qui permettra si elle est suivie par l’auteur d’avoir une seconde chance pour être publié dans ladite revue.
LE PEER REWIEWING : UN GAGE DE SÉRIEUX
Nous le voyons donc, le Peer Rewiewing est un gage de sérieux qui valide le contenu d’un travail scientifique académique. Cependant, on se doute, le processus prend du temps entre les lectures, les relectures, parfois les corrections nécessaires, la validation. Et pendant ce temps, le Covid19 poursuit sa marche inexorable et légère là où nos sociétés sont lourdes de démarches chronophages, d’étapes à passer.
UN ETAT DE GUERRE
Alors que la télévision, les chefs d’état, les médecins, les journalistes, les chroniqueurs ont tous fait référence à un état de guerre contre un ennemi invisible qui se diffuse rapidement parmi nous et fait ses victimes, il est nécessaire d’accélérer le processus de recherche et d’échanges internationaux entre chercheurs. L’open access favorise ces échanges mais Bernard Rentier met, en plus en avant, la nécessité d’ouvrir “les vannes” de la publication. Les publications non encore soumises au processus de peer-rewieving sont sur les plateformes d’archives de prépublications d’articles scientifiques qui permettent le dépôt de travaux à foison et sans perte de temps ni passage par des intermédiaires. On voit la recherche avancer en temps réel. Il y a bien sûr des articles à écarter pour leur manque de sérieux mais le chercheur peut lui même peut faire “sa chasse aux sorcières”. L’open Peer rewiew prend la place. Les articles faux ou révélant des incompétences sont évalués, les rapports d’évaluation sont rendus publics parallèlement à l’article pertinent et la communauté scientifique au sens large, c’est- à- dire pas que les évaluateurs, peut se prononcer sur ledit article. Les démarches d’évaluation deviennent transparentes et le “bon grain” est séparé de “l’ivraie”.
[…] c’est bien l’exposition immédiate, en libre accès, par les éditeurs des revues impliquées qui a permis à la communauté scientifique de repérer des fraudes et a amené leurs auteurs à la rétraction des articles. Les errances observées dans la communication sur la COVID-19 ont été l’occasion de montrer que la publication libre et ouverte n’est en contradiction ni avec l’assurance de la qualité scientifique, ni avec l’éthique de la recherche¹.
APRÉS LE COVID
Il reste à nous interroger sur la période post-covid avec les avancées scientifiques qu’elle nous aura permise mais aussi la mise en avant de l’open access et de ses pratiques favorisant l’échange rapide des savoirs. A l’heure où l’évaluation du chercheur est interrogée non plus seulement sur des critères quantitatifs mais bien sur des critères qualitatifs, la pratique de l’Open Peer Rewieving nous offre, par la publication directe du document non encore évalué, un moyen de remettre les pendules à l’heure et de permettre à de jeunes chercheurs de qualité mais ayant peu de visibilité sur les revues mondialement connues, de se faire connaître et ainsi d’émerger de la masse.
¹ Mediapart De la nécessité de la Science Ouverte, en temps de pandémie et bien au-delà, 3 nov 2020, Reprise de l’article de blog de Carta Académia par Bernard Rentier et Marc Vanholsbeeck
Mise à jour le 05/11/2020
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Point n’est besoin d’une grande analyse pour comprendre de quoi il s’agit. Avec la période Covid19, on a vu fleurir un article “très sérieux” publié dans une revue elle même se voulant sans reproche : l‘Asian Journal of Medicine and Health . Le titre de l’article était : SARS-CoV-2 was Unexpectedly Deadlier than Push-scooters : Could Hydroxychloroquine be the Unique Solution? qui se traduit en français par Contrairement aux attentes, SARS CoV2 plus létal que les trottinettes : Est-ce que l’hydroxycholoroquine pourrait-être la seule solution ? Parmi les auteurs, Sylvano Trotinetta, Otter. F. Hantome, Nemo Macron et Manis Javanica. Les affiliations étaient les suivantes : Le BITE ( Belgian Institute of Technologie and Education, l’Institut de la science à l’arrache de Neuneuchâtel, le collectif Laissons les vendeurs de trottinettes prescrire et j’en passe. Pour plus d’informations, je vous renvoie vers l’excellent article de France Info qui reprend l’historique de l’aventure menée.
LA PRÉDATION DANS LES PUBLICATIONS SCIENTIFIQUES
Le but était de montrer que l’Asian Journal of Medicine and Health faisait partie de ces revues prédatrices qui publient des articles qui promettent la relecture par un comité de lecture avant publication, qui demandes des frais de publications au chercheur soit-disant pour couvrir leurs frais, les équipes à rémunérer. Derrière tout ca, le chercheur se retrouve démuni, ayant payé pour être publié dans une revue qui fait semblant de respecter les standarts de sérieux en vigueur alors qu’elle en est loin. Qu’apprend-on dans HAL et dans l’étude sérieuse menée sur ces prédateurs ?
GÉOGRAPHIE DES REVUES PRÉDATRICES
Ces pratiques sont légion et souvent le fait de pays africains ou du sud est asiatique. Des pays en voie de développement ou n’ayant pas les moyens de disposer de revues institutionnelles référencées dans le DOAJ. En fait, nous trouvons deux mondes qui se côtoient : les pays du nord de l’Europe et les Etats-Unis, fortement ancrés dans une économie matérialiste, riche et à l’origine d’un marché scientifique dans lequel les APC sont souvent hors de prix mais pour lesquels les laboratoires occidentaux ont les moyens de payer pour être publiés avec passage devant ledit comité de lecture sérieux qui valide ou non ladite publication, et de l’autre côté , la revue prédatrice capable de copier les modèles en vigueur : la demande d’APC, l’existence du comité de lecture qui valide ou non l’article du chercheur, l’existence de l’ISSN , l’attribution de DOI. Ces pratiques bien que frauduleuses viennent de pays qui n’ont pas les moyens la plupart du temps de publier dans les revues avec APC occidentales et sérieuses. Afrique ou Asie reproduisent alors les modèles en vigueur avec plus ou moins de sérieux.
[cette géographie] reflète donc le recours de ces chercheurs à un modèle d’auto-publication qui leur permet de prétendre à une visibilité. […] cela peut être appréhendé comme une riposte des chercheurs des pays du Sud, vis à vis d’un système de publication scientifique occidental, capitaliste, pensé par les pays du Nord, qui les exclut et et ne véhicule donc pas l’universalisme de la science.
In Chérifa Boukacem-Zeghmouri, Sarah Rakotoary, Pascal Bador. La prédation dans le champ de la publication scientifique : un objet de recherche révélateur des mutations de la communication scientifique ouverte. hal-02941731.
COMMENT RECONNAÎTRE UNE REVUE PRÉDATRICE
LES CARACTÉRISTIQUES PRINCIPALES
- Elles se réclament du libre accès (modèle voie dorée avec paiement d’APC pour publication).
- Absence d’évaluation par les pairs (peer-rewieving) ou délai d’acceptation d’un article très court.
- Elles contrefont les revues dites légitimes.
- Elles envahissent vos boîtes mail.
- Elles flattent le chercheur.
LES LISTES EXISTANTES
Il n’existe aujourd’hui aucune liste à jour des revues prédatrices. Voici celles existantes :
- La liste de Cabells avec une whitelist et une blacklist.
- Stop Predatory Journals Mise en ligne des critères et des listes issus de l’ancien blog de J. Beall (2012 à décembre 2016, voir ci-dessous).
- Pages archives du blog de Jeffrey Beall Scholarly Open Access fermé en janvier 2017
- Jeffrey Beall predatory publishers.
- Penser, soumettre, vérifier.
et bien sur des bases payantes comme le DOAJ qui vous donne les revues sérieuses référencées ou le web of Science de Clarivate Analytics payant lui-aussi qui propose depuis 2015 l’index Emerging Sources Citation Index – ESCI qui regroupe des revues « sérieuses et prometteuses » issues des pays émergents, ainsi que de nouveaux Index le Chinese Science Citation Database, Le SciElo Citation Index, le Russian Science Citation Index, le KCI-Korean Journal Database et tout dernièrement, le Arabic.
AU DELÀ DES LISTES
Il faut savoir au final qu’il n’existe pas forcément de bonnes ou mauvaises listes et que, parfois, des revues qualifiées de “prédatrices dans une liste sont bonnes dans une autre. En témoigne le croisement des listes Cabells, le DOAJ et la liste de J. Bealls a permis l’identification de 72 revues pouvant à la fois appartenir à une white et blacklist.
“Predatory journals have found ways to penetrate these lists, and new journals have to publish for at least a year before they can apply for indexing » (Grudniewicz, 2019).”
In La prédation dans le champ de la publication scientifique : un objet de recherche révélateur des mutations de la communication scientifique ouverte Chérifa Boukacem-Zeghmouri, Sarah Rakotoary, Pascal Bador
LE PROFIL DES CHERCHEURS QUI PUBLIENT DANS CES REVUES
Certains chercheurs jeunes et inexpérimentés se retrouvent souvent victimes non consentantes de ces revues prédatrices. L’étude de HAL nous indique qu’il s’agit la plupart du temps de jeunes chercheurs ayant peu de culture liée au domaine et appartenant aux pays émergeants manquant de moyens mais elle nous montre aussi que des chercheurs plus âgés*, pris dans l’étau de la logique du Publish or Perish publient dans ce type de revue en toute connaissance de cause pour obtenir une présence accrue sur les revues scientifiques. In p. 11 “La prédation dans le champ de la publication scientifique : un objet de recherche révélateur des mutations de la communication scientifique ouverte” Chérifa Boukacem-Zeghmouri, Sarah Rakotoary, Pascal Bador
Le problème reste donc difficile à appréhender si l’on s’en tient à un regard manichéen. D’un côté, les bons de l’autre les méchants. L’étude conclue à une nécessaire analyse plus profonde, liée à des facteurs économiques et sociaux , à une géographie et des valeurs à prendre en compte. Bref, l’enjeu implique des choix politiques.
Creative Commons Attribution 4.0 International License.
]]>Du 22 au 26 juin 2020, la conférence annuelle LIBER (Ligue des Bibliothèques Européennes de Recherche – Association of European Research Libraries) s’est déroulée en ligne, covid19 oblige. Parmi les intervenants les chercheurs suivants: Denis Bourguet, UMR CBGP, INRAE, Montpellier; Benoit Facon, UMR PVBMT, INRAE, La Réunion; Thomas Guillemaud, UMR ISA, INRAE, Sophia-Antipolis; Marjolaine Hamelin, UMR LBE, INRAE, Narbonne.
Ils font partie cette année des gagnants du LIBER Award for Library Innovation décerné chaque année par LIBER aux initiatives innovantes en bibliothèque de recherche. Félicitations à eux et à leur projet qui, jour après jour prend forme et s’enrichit de nouvelles PCI. Cet article va décrire leur travail, leurs choix dans le cadre de la science ouverte ainsi que les brillants résultats obtenus jusqu’à présent.
A la création de ce blog, nous avions déjà voulu mettre en avant leur projet qui se détachait déjà des autres. Leur originalité ?
LEUR ORIGINALITÉ
Les PCI (Peer Community In) sont des communautés de chercheurs qui évaluent les pré-prints de leurs collègues. Regroupés par communautés de pairs en X c’est à dire en fonction de leur domaine d’étude, il en existe déjà de nombreuses. Voici la liste actuelle (Données du 1/07/2020) qui évolue au fil de la création de nouvelles PCI
LA RECOMMANDATION
Les pré-prints, une fois évalués et recommandés par une PCI deviennent des références à part entière au même titre que des articles publiés dans des journaux traditionnels. Validés scientifiquement, ces articles peuvent servir de références pour les autres travaux menés sur le sujet.
LA TRANSPARENCE
L’autre originalité de leur travail réside dans la transparence. En effet, les PCI publient sur leur site web les reviews et la correspondance éditoriale des pré-prints recommandés. Pour les pré-prints qui ne sont pas recommandés, les reviews sont transmises aux auteurs, mais ne sont pas publiées. La publication des reviews, une caractéristique assez rare dans le monde de l’édition scientifiques (ie seule une petite poignée de journaux publient les reviews des articles qu’ils publient), permet aux lecteurs de se faire une idée du sérieux des évaluations réalisées par les PCI en général et pour chaque pré-print en particulier.
LA GRATUITE
PCI est entièrement gratuit pour les auteurs (il n’y a aucun frais associé à l’évaluation et à la recommandation d’un pré-print) et pour les lecteurs (les articles recommandés sont librement accessibles sur les archives ouvertes ou sur les serveurs de pré-print et les recommandations publiées par PCI sont libres d’accès). Les faibles coûts associés à la mise en place et au fonctionnement des PCI sont couverts par les soutiens financiers accordés par des institutions publiques. Les communautés de chercheurs mobilisés derrières les PCI dédient une partie de leur temps de travail à cette activité éditoriale au bénéfice de leurs collègues, eux-même chercheurs. Chaque PCI regroupe un grand nombre d’éditeurs (des “recommandeurs”), limitant d’autant l’investissement en temps de ces chercheurs. Chaque recommandeur est ainsi invité à assurer l’évaluation/recommandation d’un, deux (et maximum de cinq) pré-prints par an. L’objectif n’est pas la quantité mais la qualité sur le principe qu’un article est “remarquable” pour la qualité de son contenu et non pour le nombre de citations dont il pourrait faire l’objet par la suite (ce que recherche de nombreuses revues scientifiques, soucieuses de voir monter leur facteur d’impact). PCI, qui n’a pas et ne compte avoir de facteur d’impact, s’écarte ainsi des travers de la bibliométrie et de ses critères quantitatifs..
LA NON EXCLUSIVITE
Les pré-prints recommandés par les PCI peuvent aussi être soumis pour publication dans des revues traditionnelles. Aucune clause d’exclusivité n’étant signée avec PCI, chaque auteur reste libre d’aller frapper à la porte des éditeurs scientifiques qui ont également la liberté d’accepter leur article pour publications. Ces derniers ne manqueront pas, quant à eux, de faire signer ces fameuses clauses avec délai d’embargo du post-print final de 6 mois pour les articles en STM et 12 mois en SHS. Le but est de s’affranchir de leur pouvoir et de “reprendre la main” sur une production scientifique produite par les chercheurs, payée par les institutions universitaires et qui se doit d’être accessible librement à tous, en cohérence avec la loi pour une république numérique du 7 octobre 2016
L’INDÉPENDANCE
Les recommandeurs et les évaluateurs doivent déclarer qu’ils n’ont aucun conflit d’intérêt avec l’auteur de l’article ou le contenu de l’article évalué. Cela contribue à une totale indépendance de jugement qui n’est pas toujours de mise dans le processus d’évaluation des articles classiquement soumis à des revues scientifiques. C’est ce que l’actualité nous a encore montré dernièrement avec le cas du Professeur RAOULT qui, rappelons le, possède un h-index de 145 avec 3060 publications à son actif dans SCOPUS. Certains de ses articles lors de la crise du covid19 en mars dernier avaient été refusés par des revues qui les jugeaient non conforme à la méthodologie scientifique. Il s’est tourné vers New Microbs et New infections dont les rédacteurs en chef et rédacteurs en chef adjoints sont des collaborateurs du professeur RAOULT à l’Institut Hospitalo-Universitaire Marseille Méditerrannée. Quid du conflit d’intérêt quand la revue où publie le chercheur est dirigée par les collègues avec qui il travail à l’IHU ?
LA GOUVERNANCE DE PCI
Peer Community in est une association scientifique à but non lucratif responsable du fonctionnement de chaque PCI crée. Les PCI possèdent leur propre conseil (managing board) et nomment leurs propres recommandeurs. Le conseil de chaque PCI est composé d’un nombre limité de chercheurs choisis parmi les recommandeurs et régulièrement remplacés. Enfin, chaque membre des différents conseils des PCI sont aussi membres de l’association Peer Community in. Ils sont donc tous responsables des décisions prises, que ce soit en terme de choix de recommandeurs, de modèle économique, de choix éditoriaux. Ils exercent donc en toute indépendance et assument la politique menée en toute transparence les uns envers les autres
LE CLUB EXCLUSIF
Une internaute Cindy Morris, à la fin du chapitre “the project in a few lines” a fait une objection pertinente en indiquant que le mode de fonctionnement de ce système ressemblait à un club exclusif de chercheurs
Voici la réponse de Denis Bourguet, Thomas Guillemaud et Benoit Facon :
La raison principale est que nous voulons que les recommandations de la communauté des pairs soient basées sur des examens de haute qualité. Notre but n’est donc pas d’être un club exclusif, mais simplement de faire en sorte que chaque meVoici la réponse de Denis Bourguet, Thomas Guillemaud et Benoit Facon :mbre de la PCI X soit reconnu par ses pairs comme suffisamment bon dans son domaine de recherche pour effectuer des recommandations solides.
Et ils ajoutent :
Une autre raison importante est que nous attendons des membres de la PCI X qu’ils agissent en tant que membres d’une communauté qui compte pour eux. Comme les membres seront nommés par la communauté, ils seront probablement particulièrement motivés pour effectuer de très bonnes évaluations et pour suivre un code de conduite éthique (pas de conflit d’intérêt, pas de recommandation d’articles publiés par des co-auteurs et/ou des amis récents, etc.)
En outre, voici deux points clés qui garantiront que la communauté restera ouverte:
- Les examens doivent être effectués par au moins deux personnes. Aucune de ces personnes ne sera nécessairement membre de la PCI. Par conséquent, pour chaque recommandation, des évaluations pourraient être rédigées par des chercheurs n’appartenant pas à la communauté.
- Même si les membres de la PCI sont nommés par le conseil , il est important de noter que la moitié du conseil sera remplacée chaque année. La composition du conseil évoluera donc assez rapidement avec le temps, diminuant encore le risque de dérive vers un «club exclusif».
LES OBJECTIFS DE PCI
PCI a mis en place la démarche décrite ci-dessus avec un objectif précis. Le système de publication scientifique actuel débouche sur la prééminence de grands groupes éditoriaux internationaux tels Elsevier, Taylor et Francis, Wiley etc… Ces groupes ont fait exploser les tarifs d’achats des revues scientifiques en augmentant régulièrement le prix des abonnements payés par les universités et plus spécifiquement les services communs de documentation. Lors des négociations d’achats appelées Big deal, les services communs de documentation sont le plus souvent obligés d’acheter un bouquet de revues parmi lesquelles se trouvent celles qui les intéressent et négocient le marché pour un certain nombres d’années, environ cinq ans. A l’issue du délai, le marché est re-négocié. Devant l’explosion des prix et des abonnements toujours plus chers, PCI a fait le choix de reprendre le pouvoir sur le processus de publication des articles scientifiques et de ce fait, de rendre le Savoir gratuit et accessible à tous en remettant le chercheur au centre du processus éditorial. Il produit, il évalue, il publie et diffuse lui-même les connaissances et évite les éditeurs toujours plus gourmands qui se font payer pour publier en open access gold. Mais ceux-ci font ensuite encore payer, cette fois-ci les institutions dans lesquelles travaillent les chercheurs pour mettre à disposition les écrits scientifiques dans les BU et les centres de recherche. Ainsi, ils se font payer deux fois un travail qui n’est pas le leur mais celui du chercheur qui a travaillé et s’est fait rémunérer avec un salaire par l’institution pour laquelle il travaille.
Ce système absurde a abouti au mouvement de la science ouverte et du désir légitime des chercheurs de se réapproprier leur travail. PCI rentre dans ce mouvement initié en 2001 par la conférence de Budapest et aujourd’hui en pleine évolution avec le mouvement officiel pour la science ouverte du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la recherche.
PCI souhaite prendre part à ce mouvement essentiel pour la libération de la science du carcan financier des grands groupes éditoriaux. Ce groupe oeuvre dans le sens d’une reconnaissance d’un travail scientifique de qualité en intervenant au tout début de la chaîne de production éditoriale : au niveau du pré-print. En évaluant le pré-print, en rendant transparente cette évaluation puis en déposant les preprints recommandés sur serveur dédié , il se libère des éditeurs scientifiques, des comités de lecture et de l’abonnement aux revues dans lesquelles sont publiés les articles.
NOTRE SOUTIEN
Par leur démarche qui va dans le sens des recommandations ministérielles pour la science ouverte, des principes énoncés par DORA pour un évaluation du chercheur plus qualitative et moins quantitative, ils s’inscrivent dans un mouvement plus général qui veut que tout travail de recherche soit rendu visible et accessible à tous.
Par leur démarche, ils espèrent le soutien et la reconnaissance des universités, unités mixtes de recherche, unités propres de recherche, laboratoires, instituts, grandes écoles, ministère de l’enseignement supérieur et de la recherche pour être plus forts et rendre l’édition scientifique française, européenne et internationale affranchie et autonome. Citons parmi leurs soutiens le CNRS, l‘INRAE, Aix Marseille Université, Université de Lorraine, université de Strasbourg, Université de Bordeaux, Ifremer etc…
CONCLUSION
Il ne tient qu’à nous tous qui faisons partie de l’enseignement supérieur que ce soit dans les services de soutien à la recherche, les écoles doctorales mais aussi dans les laboratoires où demain se prépare de se réapproprier les données de la recherche. Elle est produite par les chercheurs pour la communauté humaine et l’amélioration de nos conditions d’existence vers un sens de progrès et d’évolution positive. Elle ne doit pas faire l’objet de spéculations privées, de grands groupes internationaux qui ouvrent l’accès aux données aux plus riches tout en laissant les autres sur le bord de la route. Peer Community in a choisi la voie d’un néo-humanisme du XXIe siècle, celui d’une nouvelle société refondée sur des valeurs de partage, de Savoir et d’évolution dans le respect de chacun. Faisons leur confiance et apportons leur notre soutien. Ils nous ouvrent la voie et nous montrent le chemin.
English version
PEER COMMUNITY IN (PCI) OR PEER COMMUNITY IN X
From 22 to 26 June 2020, the annual conference LIBER (League of European Research Libraries – Association of European Research Libraries) took place online, covid19 requires. Among the speakers the following researchers: & nbsp; Denis Bourguet , UMR CBGP, INRAE, Montpellier; Benoit Facon, UMR PVBMT, INRAE, Reunion ; Thomas Guillemaud, UMR ISA, INRAE Sophia-Antipolis ; Marjolaine Hamelin, UMR LBE, INRAE, Narbonne.
They are among the winners of the LIBER Award for Library Innovation awarded each year by LIBER to innovative initiatives in the research library. Congratulations to them and to their project which day after day takes shape and is enriched with new PCIs. This article will describe their work, their choices in the context of open science as well as the brilliant results obtained so far. Article com&doc submitted and reviewed by the PCI community on 07/02/2020
When creating this blog, we already wanted to highlight their project which already detached from others. Their originality?
THEIR ORIGINALITY
PCI (Peer Community In) are communities of researchers who evaluate the pre-prints of their colleagues. Grouped by communities of peers in X, that is to say according to their field of study, there are already many. Here is the current list which evolves with the creation of new PCIs
THE RECOMMENDATION
The pre-prints, once evaluated and recommended by an PCI, become full references as well as articles published in traditional newspapers. Scientifically validated, these articles can serve as references for other work carried out on the subject
THE TRANSPARENCE
The other originality of their work lies in transparency. PCIs publish reviews and editorial correspondence on recommended pre-prints on their website. For pre-prints that are not recommended, reviews are sent to the authors, but are not published. The publication of reviews, a fairly rare feature in the world of scientific publishing (ie only a small handful of newspapers publish reviews of the articles they publish), allows readers to get an idea of the seriousness of the evaluations carried out by PCI in general and for each pre-print in particular.
THE NOT EXCLUSIVE
Pre-prints recommended by PCI can also be submitted for publication in traditional journals, no exclusivity clause having been signed with PCI, each author remains free to knock on the door of scientific publishers who are also free to accept their article for publication. As for the latter, they will not lack. They will not fail to have these famous clauses signed with embargo period of the final post-print of 6 months for articles in STM and 12 months in SHS. The goal is to free themselves from their power and “regain control” of a scientific production produced by researchers, paid for by university institutions and which must be freely accessible to all, consistent with the the law for a digital republic of October 7, 2016
THE INDEPENDANCE
Recommenders and reviewers should declare that they have no conflict of interest with the author of the article or the content being reviewed. This contributes to a total independence of judgment which is not always necessary in the evaluation process of articles classically submitted to scientific journals. This is what the news has recently shown us recently with the case of Professor RAOULT who, remember, has an h-index of 145 with 3060 publications to his credit in SCOPUS. Some of his articles during the covid19 crisis last March had been refused by journals which deemed them not to conform to scientific methodology. He turned to New Microbs and New infections, whose editors and assistant editors are collaborators of Professor RAOULT at the Institut Hospitalo-Universitaire Marseille Méditerrannée. What about the conflict of interest when the journal where the researcher publishes is directed by the colleagues with whom he works at the IHU?
THE GOVERNANCE OF PCI
Peer Community in is a non-profit scientific association responsible for the operation of each PCI created. PCIs have their own managing board and appoint their own recommenders. The council of each PCI is made up of a limited number of researchers chosen from among the recommenders and regularly replaced. Finally, each member of the various PCI councils is also a member of the Peer Community in association. They are therefore all responsible for the decisions taken, whether in terms of the choice of recommenders, the economic model or the editorial choices. They therefore exercise their independence and assume the policy conducted with transparency towards each other.
THE EXCLUSIVE CLUB
Internet user, Cindy Morris, at the end of the chapter the project in a few lines, makes a relevant objection by indicating that the way this system works looked like an exclusive club of researchers
Here is the answer from Denis Bourguet, Thomas Guillemaud and Benoit Facon :
The main reason is that we want the recommendations of the peer community to be based on high quality reviews. Our goal, therefore, is not to be an exclusive club, but simply to ensure that each member of PCI is recognized by his peers as good enough in his area of research to make solid recommendations
And they adds:
Another important reason is that we expect PCI X members to act as members of a community that matters to them. As the members will be appointed by the community, they will probably be particularly motivated to carry out very good evaluations and to follow a code of ethical conduct (no conflict of interest, no recommendation of articles published by co-authors and / or recent friends, etc.) In addition, here are two key points that will ensure that the community remains open: – the examinations must be carried out by at least two people. None of these people will necessarily be a member of PCI. Therefore, for each recommendation, assessments could be written by researchers outside the community. – even if PCI members are appointed by the board, it is important to note that half of the board will be replaced each year. The composition of the board will therefore change fairly quickly over time, further reducing the risk of drifting towards an “exclusive club”.
The project in a few lines”in https://peercommunityin.org/
THE OBJECTIVES OF PCI
PCI has implemented the process described above with a specific objective. The current scientific publication system leads to the pre-eminence of large international editorial groups such as Elsevier, Taylor and Francis, Wiley, etc. These groups have caused the purchase prices of scientific journals to explode by regularly increasing the price of subscriptions paid by universities and more specifically the common documentation services. During the negotiation of purchases called “big deal”, the common documentation services are most often obliged to buy a bunch of journals among which is the one which interests them and negotiates the market for a certain number of years, approximately five years. At the end of the period, the market is re-negotiated. Faced with the explosion of ever more expensive prices and subscriptions, PCI has chosen to regain power over the process of publishing scientific articles and thereby make Knowledge free and accessible to all by putting the researcher back at the center of the editorial process. He produces, he evaluates, he publishes and disseminates knowledge himself and avoids ever greedier publishers who get paid to publish in open access gold. But they then charge again, this time the institutions in which researchers work to make scientific writings available in BUs and research centers. They are paid twice for work that is not theirs but that of the researcher who worked and was paid with a salary by the institution for which he works.
This absurd system resulted in the movement of open science and the legitimate desire of researchers to reclaim their work is part of this movement initiated in 2001 by the Budapest conference and today in full evolution with the official movement for open science in the Ministry of Higher Education and Research wishes to take part in this essential movement for the liberation of science from the financial shackles of large editorial groups. This group works towards the recognition of quality scientific work by intervening at the very beginning of the editorial production chain: at the level of By evaluating the pre-print, by making this evaluation transparent then by depositing the recommended preprints on a pre-print server, it frees itself from scientific publishers, reading committees and payment to buy the journals in which the articles are published.
OUR SUPPORT
By their approach which is in line with the ministerial recommendations for open science, the principles set out by DORA for a more qualitative and less quantitative evaluation of the researcher, they are part of a more general movement which wants all research work to be made visible and accessible to all.
By their approach, they hope for the support and recognition of universities, joint research units, own research units, laboratories, institutes, grandes écoles, the ministry of higher education and research to be stronger and make publishing freed and autonomous French, European and international scientist. Among their supporters are the CNRS, INRAE, Aix Marseille University, University of Lorraine, University of Strasbourg, University of Bordeaux, Ifremer, etc.
CONCLUSION
It is up to all of us who are part of higher education, be it in research support services, doctoral schools, but also in laboratories where tomorrow is preparing to reclaim research data. It is produced by researchers for the human community and the improvement of our living conditions towards a sense of progress and positive evolution. It should not be the subject of private speculation, of large international groups which open data access to the wealthy while leaving others on the side of the road. Peer Community in has chosen the path of a 21st century neo-humanism, that of a new society founded on values of sharing, knowledge and evolution with respect for everyone. Let us trust them and give them our support. They open the way for us and show us the way.
Mise à jour du 13/07/2020. Ce(tte) œuvre est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution – Pas d’Utilisation Commerciale – Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International
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INTRODUCTION
La très grande infrastructure de Recherche Huma-Num ou la TGIR des humanités numériquesa été mise en place pour accompagner les chercheurs en SHS dans la gestion numérique de leurs projets et de leur travaux. Elle est ouverte à l’ensemble des programmes de recherche de l’enseignement supérieur que ce soit dans les UMR, UPR, les structures fédératives telles les MSHS, les instituts etc… Elle rentre dans la grande famille des archives ouvertes en tant qu’archive disciplinaire et offre de nombreux services dédiés aux chercheurs. Elle propose ainsi le traitement, la conservation pérenne, l’accès et l’interopérabilité des données, une plateforme d’accès : ISIDORE. Son domaine d’intervention est national et européen. Nous allons voir dans cet article comment travailler avec les outils dédiés proposés par la plateforme.
Pour en savoir plus sur Huma-Num..
VOUS SOUHAITEZ EXPOSER VOS DONNEES SUR HUMA-NUM ?
UN SEUL OUTIL : NAKALA
Vous êtes une équipe de recherche, un chercheur qui participe à un programme de recherche, il vous suffit d’envoyer un mail à l’équipe d’Huma-Num à cette adresse: cogrid@huma-num.fr. Si votre projet est accepté, vous bénéficierez d’un espace dédié et d’une ouverture de compte sur Nakala Vous pourrez alors commencer à déposer. Comme vous pouvez le voir ici, à la différence de HAL archive ouverte, vous devez demander un accès aux administrateurs de Nakala.
L’outil en lui-même vous propose deux grands types de services :
- des services d’accès aux données
- des services de présentation des métadonnées.
Vous déposez ainsi vos données de recherche dans un entrepôt sécurisé qui va en assurer la conservation et la pérennité en suivant les évolutions techniques du Web.
NAKALA MODE D’EMPLOI
Les vidéos qui suivent vous indiquent comment vous identifier, déposer et diffuser vos données avec Nakala. 1 . Vous pouvez les retrouver sous l’onglet ressources sur portail huma-num. Celui-ci, à l’image de Hal, met à disposition un ensemble de tutoriels d’autoformation pour se familiariser avec l’outil.
IDENTIFIEZ-VOUS SUR NAKALA 2
DEPOSEZ VOS DONNEES SUR NAKALA 3
Déposer vos données sur Nakala
DIFFUSER VOS DONNÉES AVEC NAKALA 4
Diffuser vos données avec Nakala
VOUS SOUHAITEZ RENDRE VISIBLES VOS DONNEES SUR ISIDORE ET/ OU CREER LE SITE WEB DE VOTRE PROJET ?
UN SEUL OUTIL : LE PACK NAKALONA 5
Huma-Num vous propose gratuitement Nakalona. Fonctionnant « au-dessus » de Nakala, Nakalona vous permet de gérer vos données et leur synchronisation avec Nakala et ce, depuis l’interface de gestion d’Omeka. Il est compatible et optimisé pour le signalement de vos documents dans Isidore. Omeka quant à lui, est un CMS ( Content Management system). Il vous permettra, comme WordPress ou Drupal de réaliser le site web dynamique de votre projet de recherche. Pour diffuser vos données en ligne, signaler votre travail sur le moteur de recherche Isidore, créer le site web de votre travail, vous devrez, là aussi, envoyer un mail à l’équipe d‘Huma-NUM, pour obtenir le pack Nakalona.
VOTRE SITE WEB AVEC OMEKA
LE CMS OMEKA. LISTE DES PLUGINS DISPONIBLES DANS OMEKA 6
Les plugins ou widgets sont des extensions qui, installées sur votre CMS Omeka vous permettent d’élargir les fonctionnalités de votre site web. Avec shortcode carrousel vous pouvez ainsi intégrer des carrousels d’images dans vos pages web, avec zotero import, vous pouvez importer des bibliographies zotero dans vos pages web etc…
- COinS, pour intégrer des métadonnées de citation dans les pages du site Omeka
- Contribution, pour collecter et gérer les contributions du public
- CSV Import, pour importer depuis des fichiers CSV
- CSS Editor, pour modifier l’apparence d’un thème par défaut
- Dublin Core Extended, pour bénéficier du Dublin Core qualifié
- Exhibit Builder, pour créer des expositions
- Guest User, pour créer des utilisateurs avec le rôle “invité”.
- Hide Elements, pour cacher des éléments de métadonnées
- HTML5 Media, pour activer HTML5 pour les fichiers audio et vidéo
- METS Export, pour exporter au format METS
- NAKALA Export, pour exporter vers NAKALA
- NAKALA Import, pour importer depuis NAKALA
- Neatline, pour créer des expositions géo-temporelles
- OAI-PMH Harvester, pour avoir un moissonneur OAI-PMH
- OAI-PMH Repository, pour avoir un entrepôt OAI-PMH
- Search By Metadata, pour réunir les éléments partageant certaines métadonnées
- Simple Pages, pour créer des pages web
- Simple Vocab, pour créer des vocabulaires contrôlés
- Shortcode Carousel, pour créer des carrousels
- Zotero Import, pour importer des bibliothèques et des collections depuis Zotero.
Ces plugins sont installés par l’équipe d’Huma-Num dans Omeka. Dans tous les cas, vous devez aussi les contacter à l’adresse cogrid@huma-num.fr. si vous souhaiter créer votre site web.
HumanID et ses services
HumanID est un tout nouveau service qui permet un accès unique à l’ensemble des services d’Huma-Num. La TGIR a fait un effort de centralisation de l’identification pour vous permettre de gagner du temps. Vous pouvez vous identifier grâce à vos identifiants HAL, ORCID mais aussi vos comptes Twitter ou Linkedin si vous êtes présents sur les réseaux sociaux. Nous vous rappelons aussi que vous avez la possibilité de vous identifier sur certains services comme Nakala avec vos identifiants institution. Cette démarche, aussi présente sur HAL, tend à se développer pour faciliter votre pratique de manipulation d’une archive ouverte.
DÉMARCHE
Il vous suffit d’aller sur humanID et de choisir quelle identification vous préférez.
Une fois identifié, vous accédez à une plateforme de services pour gérer votre travail. Vous avez différentes options possibles dont les statistiques de votre site web (Matomo), une plateforme collaborative de stockage et de partage de travail pour vous et votre équipe de recherche (ShareDocs) , Isidore, le moteur de recherche qui moissonne les données du web et les rend visibles etc… L’ensemble des services offerts par Huma-Num est là.
LE GUIDE DES BONNES PRATIQUES
Enfin, pour vous aider dans vos dépôts de données, Huma-Num met à votre disposition un guide des bonnes pratiques dans la rubrique ressources du site. 7. On y trouve notamment des indications concernant le dépôt de vos documents en fonction des formats acceptés par les archives ouvertes. Il faut savoir que les archives ouvertes conservent vos données et en assurent un archivage sur le long terme dit pérenne. Pour ce faire, le centre informatique national de l’enseignement supérieur (CINES) ainsi que toutes les archives ouvertes qui lui sont affiliées doivent mettre à disposition des documents en formats dits “ouverts” c’est-à-dire NON propriétaires. Par exemple, le format .docx est lié au logiciel propriétaire Word qui appartient à la société Microsoft. C’est l’exemple typique de format à éviter. Pourquoi ? Tous ces formats évoluent avec le web et les versions les plus anciennes ne sont plus lisibles sur les ordinateurs d’aujourd’hui. Pour éviter cet écueil et perdre vos données de recherche, les techniciens informatiques privilégient les formats dits “ouverts” c’est à dire non propriétaires, n’appartenant à aucune société privée et dont le code source est en libre accès. Ce sont les formats de type, odt (suite Libreoffice), txt, csv, pdf (seule exception des formats propriétaires acceptés) etc…
Pour connaître plus en détail les formats autorisés pour le dépôt en archive ouverte, une autre adresse : https://facile.cines.fr/. Vous y retrouvez tous les formats de fichiers acceptés que ce soit, image, vidéo, texte, audio, logiciels etc…
CONCLUSION
Cet article ne prétend ps être exhaustif sur le fonctionnement et les services de la TGIR Huma-Num. Nous avons volontairement fait le choix de ne pas aborder les ERIC 8 DARIAH-EU et CLARIN. Nous n’avons pas non plus abordé la notions de consortiums mais nous invitons les chercheurs qui nous liront à approfondir leur connaissance de cette infrastructure pour mieux en appréhender les enjeux sur la science ouverte. Nous avons essayé de donner un canevas d’utilisation de la TGIR pour les chercheurs en SHS qui souhaiteraient y déposer leurs données. Nous nous empressons malgré tout de les mettre en garde. HaL est l’archive ouverte qui a été choisie par le MESRI pour le dépôt des travaux des chercheurs open access. La fiche RIBAC que les chercheurs affiliés au CNRS doivent remplir chaque année au même titre que la fiche CRAC pour leurs collègues de STM ne prend en compte que les dépôts sur Hal. Le MESRI encourage vivement la pratique de dépôt en archive ouverte mais devant la multiplicité des archives disponibles, il a fallut faire un choix de centralisation des données pour faciliter leur visibilité et éviter leur éparpillement. HAL fut choisie en tant qu’archive ouverte pluridisciplinaire nationale. De ce fait, que ce soit pour Nakala, Nakalona, Omeka ou la TGIR Huma-Num, aucun de ces outils ou infrastructure ne peut remplacer HAL en tant qu’archive ouverte nationale. Ce sont malgré tout des offres supplémentaires dont la pratique fait du chercheur un professionnel sensibilisé aux enjeux de la science ouverte. C’est toujours un bon point à prendre en compte dans son évaluation.
References
| 1. |  | Une nouvelle version du logiciel est en cours d’élaboration. Voir les actualités du blog d’Huma-Num à l’adresse https://humanum.hypotheses.org/5989 |
| 2, 3, 4. | | https://www.huma-num.fr/ressources/videos |
| 5. | | https://www.nakalona.fr/ |
| 6. | | https://documentation.huma-num.fr/1058 |
| 7. | | https://www.huma-num.fr/ressources/guides |
| 8. | | Consortium Européen pour une infrastructure de recherche européenne |
Mise à jour du 12/06/2020. Crédits illustrations : Les images du présent billet illustrent le site d’Huma-Num. Ce(tte) œuvre est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution – Pas d’Utilisation Commerciale – Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International
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INTRODUCTION
Le présent billet reprend l’analyse d’un article publié dans “Cahiers : Droit, Science et Technologies. Il s’intitule “Pratiques de gestion des données de la recherche : une nécessaire acculturation des chercheurs aux enjeux de la science ouverte ?” et résume une enquête effectuée auprès de chercheurs Montpelliérains dans tous les domaines de la science sauf celui impliquant des recherches sur la personne humaine. Ce dernier domaine, régi par le code de la santé publique, obéit en soi à des règles particulières. Cet article répond à un plan classique avec l’explication de la méthodologie appliquée à l’enquête auprès des chercheurs, effectuée en 2018, les résultats puis enfin l’analyse et la discussion. Avec la naïveté du personne travaillant dans un service de soutien à la recherche au sein d’un SCD, je pensais que les chercheurs étaient déjà sensibilisés à cette question et que la plupart des laboratoires avaient mis ou mettaient en place une politique de gestion des données de la Recherche pour permettre à leurs collègues aux quatre coins du monde, d’accéder aux données et de pouvoir reproduire la recherche en question et avancer dans une collaboration toujours plus efficace et rapide. A la lecture de cet article, on découvre que, finalement, peu d’équipes de recherche du bassin Montpelliérain ont mis en place une véritable politique de gestion des données avec des règles précises quant à leur mise à disposition, leur accessibilité, interopérabilité, réutilisation possible. Ces quatre principes, appelés FAIR pour “facile à retrouver, accessible, interopérable et réutilisables” ont été définis à l’échelle mondiale en 2014 par un groupe de chercheurs qui ont ensuite publié le résultat de leurs travaux sur la célèbre revue Nature. Cette publication fut fondatrice des principes FAIR que tout chercheur doit appliquer à ses données s’il veut veut prendre part à des projets de recherche européens financés sur fonds publics par l’Agence Nationale de la Recherche.
Les principes FAIR : Rappel
Les règles sont les suivantes: le travail scientifique doit être doté d’un identifiant pérenne unique tel le DOI pour être facilement retrouvé sur n’importe quelle plate-forme de recherche, les données doivent posséder des conditions de partage connues avec application de licences libres définies telles les créative commons, elles doivent rester accessibles même si elles ne sont plus disponibles, le lieu de consultation doit être clairement identifié, si un logiciel est nécessaire pour lire ces données, celui-ci doit être mis à disposition de tous (privilégier les logiciels libres et mettre à disposition le code source de l’outil), quand les données ne peuvent pas être diffusables, il est recommandé de dire pourquoi et pendant combien de temps, les standarts internationaux en terme de formats de données doivent être utilisés pour favoriser leur interopérabilité (privilégier les formats libres aux formats propriétaires (odt suite openoffice plutôt que docx de Microsoft par exemple). L’ensemble de ces règles doit clairement être rédigé dans un plan de gestion des données ou data management plan et transmis à l’ANR dans les six mois qui suivent le dépôt de candidature à un projet de recherche européen. Ceci représente la règle actuelle telle que définie par l’ANR. Si l’on lit l’article sur les chercheurs Montpelliériens, que constate t- on ?
Gestion des données et stockage.
Les données restent encore stockées sur des clés USB, ordinateur personnel, cloud. Très peu de chercheurs font appel à des entrepôts de données organisées qui gèrent les données pour en assurer leur pérennité. Certains ne connaissent pas la politique de l’établissement en la matière et ne savent pas, quand il existe une archive institutionnelle, qu’elle est à leur disposition pour assurer le dépôt de leurs données en toute sécurité.
Disparité
Bien sûr il existe des disparités en fonction des domaines de recherches, les scientifiques en sciences dures physique chimie, biologie, mathématiques semblants plus sensibilisés à la problématique de la gestion des données de la Recherche que les chercheurs en sciences humaines. Mais, globalement, peu d’entre eux ont réfléchi en amont de leurs recherches pour mettre en place une politique globale de gestion de leurs données.
” […] seulement 28 % des répondants ont fait appel à des dispositifs d’entrepôts de données, à des serveurs publics d’archivage et conservation ou à des serveurs ou entrepôts privés. Les deux tiers des répondants (105/155) n’avaient mobilisé aucun standard, norme ou procédure d’organisation de leurs données. […]”
Pratiques de gestion des données de la recherche : une nécessaire acculturation des chercheurs aux enjeux de la science ouverte ? Résultats d’une enquête exploratoire dans le bassin montpelliérain (juin 2018) Philippe Amiel, Francesca Frontini, Pierre-Yves Lacour et Agnès Robin p. 147-168 https://doi.org/10.4000/cdst.2061
Confidentialité
Les données de travail étaient facilement partagées avec un collègue et seulement 39 % avaient réfléchi à la notion de partage et de confidentialité. Dans le cadre d’un partage plus large avec la communauté universitaire, aucune notion de droit, de législation d’usage, n’avait été pensé, soit l’acceptation du partage dans les mêmes conditions, soit le partage à des fins commerciales ou non, soit l’autorisation de partage avec modifications etc…
Organisation de moyens techniques pour favoriser la traçabilité des données :
Les moyens sont très divers pour garantir la traçabilité des données. Le cahier de laboratoire est très souvent utilisé. Il sert à consigner au jour le jour les opérations de recherche et en assurer une traçabilité. Il est aussi question de base de données, journaux de bord électroniques, bref d’outils pensés au coup par coup et crées en fonction des besoins.
La propriété des données
Les chercheurs travaillant sur des projets financés sur fonds publics perçoivent la propriété des données de leur recherche comme appartenant au domaine public. Quand la recherche est financée par le laboratoire lui-même, les chercheurs perçoivent l’établissement pour lequel ils travaillent en tant que propriétaires des données, la propriété pouvant être partagée avec les chercheurs de l’établissement. Quand la recherche est financée sur fonds privés, ce sont les organismes financeurs qui sont perçus comme propriétaires des données. Quand un contrat existe entre les deux parties et que la propriété des données est définie, tout va bien mais quand aucun contrat n’existe, le chercheur sait-il qu’il reste le premier propriétaire de ce qu’il produit et peut négocier auprès d’un éditeur des avenants à son contrat de publication pour garder la main sur la diffusion de ses données ? Pas sûr.
La diffusion des données
Les chercheurs à ce niveau là ont des lacunes. Si un contrat existe et définit entre deux parties la façon précise dont les données doivent être diffusées, les chercheurs ne sont pas perdus. Par contre, quid des données quand il n’existe aucun contrat et comment les diffuser pour rester dans “les clous” de la législation du domaine. Quid des licences libres de type créative commons qui définissent les conditions de partage et de diffusion des données ?
“Les concepts généraux en lien avec la notion de propriété et les notions voisines (domaine public, propriété publique, bien commun, donnée publique) restent également méconnus ou mal distingués les uns des autres. Cela est problématique dans le contexte actuel de mise en place de la politique publique de science ouverte.
“Pratiques de gestion des données de la recherche : une nécessaire acculturation des chercheurs aux enjeux de la science ouverte ? ” Résultats d’une enquête exploratoire dans le bassin montpelliérain (juin 2018) Philippe Amiel, Francesca Frontini, Pierre-Yves Lacour et Agnès Robin p. 147-168 https://doi.org/10.4000/cdst.2061
La fin de l’article souligne les manques de connaissance des chercheurs dans différents domaines : méconnaissance des concepts, des enjeux liés à l’open data. Ils ont tendance à considérer que les politiques de gestion des données à définir pour faciliter les échanges, la diffusion, la pérennité du savoir se résume à une contrainte administrative supplémentaire qu’on leur impose et qu’un personnel administratif de type gratte-papier peut très bien convenir pour remplir la tâche pendant qu’eux se consacrent au coeur de leur travail : la Recherche.
CONCLUSION
Comprennent-ils vraiment que les contraintes imposées et les notions liées à la science ouverte ne sont là que pour favoriser la libre circulation de leurs travaux, faciliter les collaborations, renforcer l’efficacité et la visibilité de la Recherche française à l’international. Comprendre es enjeux de la science ouverte et obéir à ses principes, c’est permettre à la Recherche française d’être compétitive et reconnue dans des classements justes au delà du classement de Shangaï, ceux qui prennent en compte la qualité d’un contenu, de sa formalisation, de sa mise à disposition, de sa reproductibilité grâce aux bonnes pratiques qui sont appliquées.
Mise à jour le 15/05/2020. Ce(tte) œuvre est mise à disposition selon les termes de la Licence Creative Commons Attribution – Pas d’Utilisation Commerciale – Partage dans les Mêmes Conditions 4.0 International.
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